وردت أول إشارة مكتوبة إلى المنامة باسمها الحالي في نص تاريخي يعود إلى عام 1345م، لكن المنطقة المحيطة بها كانت مأهولة منذ عصور أقدم بكثير، إذ تقع قلعة البحرين القريبة، المسجَّلة في قائمة اليونسكو للتراث العالمي، على أنقاض حضارة دلمون القديمة.

ازدهرت المنامة قرونًا كميناء رئيسي لتجارة اللؤلؤ الطبيعي قبل ظهور اللؤلؤ الصناعي الياباني في القرن العشرين، وتشهد اليوم على تحوّلها الحديث أبراج مركز البحرين التجاري العالمي التوأمان، وهما من أوائل المباني الشاهقة في العالم التي تدمج توربينات رياح ضمن تصميمها.